乙级河道治理工程设计与施工资质的申请流程相对复杂，以下为大致的申请指南：

### 一、资质标准了解与准备
1. **了解资质要求**：首先，要查阅最新的《水利水电工程设计与施工资质标准》，明确乙级资质在注册资本、专业技术人员、工程技术设备、已完成工程业绩等方面的具体要求。

2. **企业设立与登记**：建立具有独立法人资格的企业，并在工商行政管理部门完成注册登记，确保经营范围包含水利水电工程设计与施工服务。

3. **人员配备**：根据乙级资质标准，聘请一定数量和级别的专业技术人员，包括具有中级及以上职称的设计师、工程师，以及必要的项目经理、造价师等，并确保全员在企业缴纳社保。

4. **业绩积累**：完成一定数量和规模的河道治理工程设计与施工项目，形成丰富的工程业绩，以满足资质申请条件。

### 二、资料准备
1. **企业基本信息**：准备企业法人营业执照、公司章程、税务登记证、组织机构代码证等基本资料。

2. **人员证明材料**：收集全体技术人员的**、学历证书、职称证书、劳动合同、社保缴纳证明等。

3. **工程业绩资料**：整理已完成的河道治理工程设计与施工项目的合同、设计文件、施工图、竣工验收报告等。

4. **技术装备与场地证明**：提供企业拥有的与设计施工相适应的技术装备购买凭证或租赁合同，以及办公场所和生产场地的相关证明。

### 三、资质申请流程
1. **申请表格填写**：根据水利部门的要求，如实填写资质申请表，详细介绍企业的基本情况、技术力量、工程业绩等情况。

2. **材料提交**：将准备好的所有申请材料报送至企业注册地所在的省级水利行政主管部门。

3. **初审**：省级水利行政主管部门对申请材料进行初步审核，符合条件的上报至水利部或者**授权的其他部门。

4. **复审与公示**：水利部或相关部门对上报材料进行复审，通过后在官方网站公示，公示期内无异议则予以批准。

5. **颁发资质证书**：公示期结束后，对符合资质条件的企业颁发乙级河道治理工程设计与施工资质证书。

### 四、后续管理
获得资质后，企业需按照规定进行年度检查、资质延期、资质升级等工作，保持企业资质的有效性，并不断提高自身的技术实力和服务质量。

注意：各地的具体申请流程和要求可能存在差异，请依据当地水利部门的最新公告和指引**作，必要时可寻求专业咨询服务机构的帮助。